E : Informatique, statistiques et calcul scientifique

Ingénieur de recherche

Concours N° 56

Délégation organisatrice : Ile-de-France Meudon (DR 05) (MEUDON)

 

Nbre de postes : 3
Emploi-type : Expert-e en calcul scientifique

1er poste du concours N° 56

Affectation : Laboratoire de Chimie Théorique, PARIS
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
Le/la futur-e recruté-e sera chargé-e de soutenir l'activité en développement
logiciel du Laboratoire de Chimie Théorique (LCT). Il/elle aura comme mission de
mobiliser les méthodes mathématiques et informatiques pour résoudre un problème
théorique relatif à la simulation en chimie théorique ; optimiser sa
programmation sur une machine cible (architectures CPUs et/ou GPUs) et proposer
les outils adaptés.
Il/elle sera également en charge de l'administration et du développement des
moyens de calcul propres au laboratoire au sein de la plateforme informatique de
la fédération "Institut Parisien de Physique Chimie et Théorique" (IP2CT), c'est-
à-dire les serveurs de calcul haute performance (HPC), et d'administrer
l'ensemble de l'infrastructure informatique du laboratoire avec l'aide de
l'équipe de l'IP2CT.
Sa mission sera également d'assurer une veille technologique matérielle en lien
avec les évolutions logicielles.



 

Activités :  
- Apporter auprès des chercheurs une expertise et un conseil dans
l'utilisation des méthodes mathématiques et des techniques informatiques
(langages et programmation) pour le développement et l'utilisation de codes en
chimie théorique (codes développés au Laboratoire et codes commerciaux
principalement en chimie quantique (DFT) et dynamique moléculaire). Aider au
portage des codes sur les architectures matérielles nouvelles (GPUs, futures
machines exascale...).
- Participer à des projets de recherche au plan national et international
et aux publications associées au développement des logiciels du Laboratoire et
aux applications de la chimie théorique ayant un lien avec le calcul haute
performance.
- Assurer l'administration et la maintenance de l'infrastructure
informatique du laboratoire en lien avec les personnels de la fédération IP2CT,
c'est-à-dire des serveurs généraux, du site web, du réseau interne et de la
connexion avec l'environnement académique (voir rubrique contexte).
- Développer les moyens de calcul HPC tant matériels que logiciels en lien
avec la fédération IP2CT et assurer la mise en service de systèmes/produits
nouveaux en environnement hétérogène.
- Assurer l'administration et la maintenance du parc utilisateurs sous
Linux, l'installation, la configuration et le dépannage des postes.
- Gérer le cycle de vie des données en entrée et en sortie des calculs
- Assurer la sécurité informatique du laboratoire, mettre en œuvre la
politique de Sécurité des Systèmes d'Information dans le cadre du dispositif de
protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST).
- Définir une veille technologique sur l'évolution des architectures
matérielles et des systèmes concernés et participer au choix, à l'acquisition, à
l'exploitation des calculateurs haute performance

 

Compétences :  
Savoirs :

- Connaissance en technologies de Calcul Haute Performance
- Maitrise des méthodes de la chimie théorique (chimie quantique et/ou
simulations de dynamique moléculaire) au sens large.
- Maitrise de l'Algorithmique et des langages de programmation FORTRAN,
C, C++ et CUDA.
- Maitrise des outils du calcul parallèle : MPI, OpenMP...
- Connaissance approfondie des architectures matérielles des systèmes et
réseaux, dont les architectures HPC modernes (GPUs etc...).
- Connaissance ? Outils de calcul scientifique et bibliothèques de calcul
scientifique HPC (BLAS, CUBLAS, LAPACK...)
- Connaissance des procédures d'exploitation (systèmes d'exploitation de
type Linux, connaissances de base de Windows), des technologies et des outils à
mettre en place dans cet environnement
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les
langues)

Savoir-faire :

- Accompagner et conseiller les utilisateurs pour l'utilisation des
outils de modélisation et des plateformes HPC.
- Mettre au point ou adapter des techniques nouvelles de simulation
théorique (nouveaux algorithmes en DFT et/ou dynamique moléculaire, portage de
logiciels GPUs etc...)
- Communiquer et faire preuve de pédagogie
- Savoir hiérarchiser les priorités du service informatique et gérer les
situations d'urgence.
- Savoir rédiger des notes techniques, des aides aux utilisateurs
- Assurer une veille technologique
- Une expérience d'utilisation de supercalculateurs serait un plus.

Savoir-être :

- Sens du service
- Sens de l'organisation
- Capacité à travailler en équipe

 

Contexte :  
Le Laboratoire de Chimie Théorique (LCT) (Unité mixte CNRS/Sorbonne Université)
est une unité de 60 personnes (28 permanents) dont les domaines d'intérêt
recouvrent l'ensemble des aspects fondamentaux et des champs d'applications de la
chimie théorique : cette étendue de compétences, affichée et reconnue aux niveaux
national et international, fait sa spécificité. Le laboratoire est l'un des trois
laboratoires de la Fédération Institut Parisien de Physique Chimie et Théorique
(IP2CT) qui gère plusieurs plateformes expérimentales et une plateforme
informatique (calcul haute performance) utilisée de manière intensive par le
laboratoire LCT.

Le LCT participe à la plateforme informatique JARVIS opérée par les personnels de
fédération IP2CT (FR 2622). A ce titre, le/la futur-e recruté-e devra interagir
avec la structure et pourra bénéficier d'un support technique et en
administration des calculateurs et machines pour l'aider à administrer les
machines appartenant au LCT.

Le poste est localisé à Paris, sur le campus Pierre et Marie Curie (ex-Jussieu)
dans le 5ème arrondissement.

Le/la futur-e recruté-e sera rattaché directement au directeur d'unité.

Des formations d'accompagnement à la prise de fonction pourront être proposées.




2eme poste du concours N° 56

Affectation : Laboratoire de Physique des 2 infinis - Bordeaux, GRADIGNAN
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur-e apportera une expertise dans l'utilisation des méthodes mathématiques et informatiques dans le domaine de la physique, chimie, et biologie dans le cadre du développement des outils de simulation Monte Carlo Geant4-DNA (http://geant4-dna.org) et Geant4 (http://geant4.org) pour la compréhension des effets biologiques des radiations ionisantes.

 

Activités :  
- Développer avec les chercheurs des codes scientifiques ouverts, hautement parallèles et optimisés pour des calculateurs de haute performance.

- Évaluer la qualité des codes, la qualité des résultats et leur interprétation et en assurer le suivi.

- Piloter des projets techniques pour le développement d'une librairie informatique de géométries biologiques.

- Assurer la gestion du cycle de vie des données du calcul, leur organisation et le suivi de leur exploitation jusqu'à leur visualisation.

- Assurer le transfert des connaissances, des savoir-faire, des bonnes pratiques auprès des chercheurs. Diffuser et valoriser les méthodes et outils développés au travers de publications, de conférences ou de formations.

- Assurer une veille technologique sur l'évolution des architectures matérielles (multithreading, GPU...) et des méthodes numériques en lien étroit avec les centres de calculs régionaux (MCIA) et nationaux (IN2P3) et en collaboration avec les autres personnels informaticiens de l'Institut ou plus localement avec les unités de recherche de l'université de Bordeaux.

 

Compétences :  
Savoir :
- Maîtrise du langage C++
- Maîtrise des outils d'analyse de données ouverts ROOT, Python, R
- Connaissance en méthodologie de conduite de projet
- Bonne connaissance des méthodes d'algorithmiques, d'informatiques et de mathématiques)
- Connaissance des méthodes Monte Carlo
- Connaissance des interactions fondamentales entre les particules élémentaires et la matière traversée
- Connaissance générale des architectures des ordinateurs et des systèmes d'exploitation
- Connaissance générale des outils de qualité logicielle
- Compétence linguistique en anglais : niveau B2

Savoir-être :
- Sens de l'organisation
- Capacité à travailler en équipe

 

Contexte :  
Le CENBG est une Unité Mixte de Recherche CNRS/Université de Bordeaux comportant 115 personnels dans 9 groupes de recherche et 5 services.
La personne recrutée sera rattachée au groupe interaction Rayonnements ionisants et Biologie (iRiBio), une équipe interdisciplinaire de 8 permanents (chercheurs et ITA) représentant l'ensemble des compétences Physique (instrumentation/simulation/modélisation), Chimie (microanalyse), Biologie (modèles et analyses biologiques, bio-informatique).
A la demande de l'Agence spatiale européenne qui a initié Geant4-DNA, l'équipe iRiBio du CENBG coordonne depuis 2008 la collaboration internationale Geant4-DNA (http://geant4-dna.org). Cette collaboration a pour objectif de développer la première plateforme ouverte de simulation Monte Carlo permettant la simulation des effets biologiques des radiations ionisantes à l'échelle de la cellule vivante. Tous les développements menés par la collaboration sont entièrement intégrés à l'outil de simulation Monte Carlo Geant4 (http://geant4.org).


3eme poste du concours N° 56

Affectation : Institut des géosciences de l'environnement, ST MARTIN D HERES
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur·e en calcul scientifique pilote la réalisation de simulations océan-
banquise haute résolution utilisant le code NEMO, parfois poussé aux frontières de
ses capacités en termes de fonctionnalités et de résolution et couplé à d'autres
modèles (d'atmosphère, ou de calotte). Ces simulations contribuent à l'étude de la
dynamique du système océan-banquise, à la conception et l'exploitation des
missions spatiales d'observation de la Terre et à l'amélioration des systèmes de
prévision opérationnelle.

 

Activités :  
- Produire des simulations haute résolution basées sur la version de référence de
NEMO (éventuellement couplé à des modèles connexes) ;
- Optimiser la mise en œuvre du code NEMO sur les centres de calcul nationaux et
européens ;
- Maintenir les bases de données de simulations et les diffuser vers les
utilisateurs (recherche, opérationnel, spatial, climat) ;
- Coordonner l'intégration des développements réalisés à l'IGE sur NEMO et leur
transfert vers l'équipe de développement du code ;
- Coordonner le développement d'outils de pré-/post-traitement des simulations ;
- Formuler des retours d'expérience vers l'équipe de développement de NEMO, les
centres de calcul (performances du code, adéquation des calculateurs aux besoins
des utilisateurs), et les services marins Copernicus ;
- Participer à la rédaction des projets scientifiques, des demandes d'heures de
calcul, et des publications en lien direct avec son activité ;
- Contribuer à la formation des utilisateurs de NEMO au sein de l'unité, dans les
domaines relevant de son expertise ;
- Assurer une veille technologique sur les techniques émergentes en lien avec la
modélisation géoscientifique et l'exploitation des données.

 

Compétences :  
Compétences requises :
- Compétences approfondies en modélisation numérique des écoulements géophysiques
;
- Compétences approfondies en calcul scientifique haute performance (en
particulier calcul massivement parallèle, et optimisation des applications sur les
calculateurs) ;
- Maîtrise des langages Fortran et Python, des systèmes d'exploitation Linux/Unix
;
- Expérience du développement logiciel collaboratif (outils de gestion de codes,
de documentation et d'intégration continue) ;
- Maîtrise de l'anglais (compréhension écrite et orale de niveau B2) ;
- Maîtrise des techniques de communication écrite (rapports, documentation) et
orale (exposés, ateliers).

Compétences souhaitées :
- Expérience en simulation numérique de la circulation océanique ;
- Expérience dans la mise en œuvre de techniques de couplage de modèles.

Savoir-être :
- Autonomie et capacité de travail en équipe, y compris dans un contexte
international ;
- Capacité de raisonnement analytique ;
- Aisance relationnelle, sens de l'écoute et du service ;
- Curiosité scientifique et technique ;
- Capacité à prendre des responsabilités et à encadrer.

 

Contexte :  
L'Institut des Géosciences de l'Environnement (IGE) est un laboratoire public de
recherche d'environ 250 personnes installé sur 2 sites du campus universitaire
de Grenoble.
L'IGE constitue l'un des principaux laboratoires de l'Observatoire des Sciences de
l'Univers de Grenoble (OSUG), une structure fédérative de l'INSU.
L'IGE étudie le climat, l'environnement et les interactions entre les milieux. Ses
recherches s'appuient sur des observations, des expérimentations et des
simulations numériques. L'IGE utilise notamment le code NEMO qui inclut le modèle
de circulation océanique OCE et le modèle de banquise SI3. Les développements de
ce code communautaire, utilisé par plus de 1600 personnes, sont coordonnés par le
CNRS dans le cadre d'un consortium européen. L'équipe MEOM de l'IGE exploite les
synergies entre modélisation et observation pour étudier la dynamique et la
variabilité de l'océan et de la banquise en interaction avec les milieux connexes
et développe des méthodes de simulation ensembliste et d'assimilation de données.
Ses activités contribuent au développement de NEMO, à l'amélioration des systèmes
de prévision opérationnelle (services marins Copernicus) et à la conception de
missions d'observation spatiale (CNES).
L'ingénieur-e en calcul scientifique développera la modélisation océan-banquise
haute résolution en appui des activités de recherche de l'unité, notamment via des
simulations ambitieuses servant une large communauté d'utilisateurs. Ces travaux
viseront également, en lien avec les autres modélisateurs de l'IGE, à améliorer la
représentation des couplages fine échelle entre océan, atmosphère, banquise et
potentiellement calotte.
Affecté-e à l'équipe MEOM, l'ingénieur-e travaillera en interaction avec tous
les membres de l'équipe et sera amené-e à interagir avec les ingénieurs de
l'unité sur les thématiques transverses liées à la modélisation, l'équipe de
développement de NEMO et les équipes utilisant les simulations de l'IGE.