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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur de recherche

Concours N° 1

 

Nbre de postes : 1
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données


Affectation : Dynamique de l'information génétique : bases fondamentales et cancer, PARIS 05
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
Analyser et synthétiser des données de séquençage à haut débit multi-omiques (génome, transcriptome, épigénome), en population et en cellule unique.

 

Activités :  
- Créer et implémenter des protocoles d'analyse bio-informatiques et bio-statistiques sur des données en population et en cellule unique issues de lignées cellulaires, xénogreffes et tumeurs humaines.
- Intégrer des données provenant de différentes technologies caractérisant le génome, transcriptome ou épigénome : données de séquençage d'ADNc et d'ADN (RNA-seq, ChIP-seq, WES et WGS).
- Analyser, comparer et intégrer des données publiques aux données de l'équipe.
- Créer des interfaces (RShiny) permettant une analyse interactive des jeux de données par des non-informaticiens.
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de présentations orales à des spécialistes et non-spécialistes, sous forme de rapports html type RMarkDown, et sous forme de publications scientifiques.
- Former, au sein de l'équipe et de l'unité, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques de l'analyse des données de séquençage en cellule unique.

 

Compétences :  
Savoirs :
- Maîtrise des langages de programmation R (avancé), Python (avancé) et bash
- Compréhension des techniques d'analyses de biologie moléculaire, de séquençage à haut débit et d'analyse en cellule unique, comme le single-cell RNA-seq
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)


Savoir-faire :
- Savoir distribuer des scripts et gérer les ressources d'un cluster de calcul
- Savoir organiser son travail avec des outils de développement type Trello
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Savoir versionner et archiver ses scripts et packages avec des outils type Github
- Concevoir des outils pédagogiques pour un échange facilité avec les biologistes (type RMarkDown et RShiny)


Savoir-être :
- Capacité à interagir avec des interlocuteurs de domaines variés : biologistes, physiciens et médecins
- Travailler en autonomie et en petit groupe sur des projets
- Savoir expliquer ses travaux à des profils divers

Domaine de formation souhaité : informatique, bio-informatique, bio statistiques, biomathématiques, biologie, biochimie, biotechnologies

 

Contexte :  
L'unité DIG-CANCER (Dynamique de l'information génétique : bases fondamentales et cancer, https://science.institut-curie.org/umr3244/) sous tutelles CNRS, Institut Curie, Sorbonne-Université, est localisée dans le 5ème arrondissement de Paris.

Elle comprend six équipes regroupant environ 50 personnes, dont 9 doctorants et 5 post-doctorants actuellement présents.

La mission de l'unité est de mieux comprendre les mécanismes de maintenance de l'intégrité génome, tels que la réplication, la réparation et la recombinaison, ainsi que de maintenance de l'épigénome.

L'ingénieur-e assurera ses fonctions au sein de l'équipe « Dynamique de la plasticité épigénétique dans le cancer» (https://science.institut-curie.org/team-vallot/), sous la responsabilité hiérarchique de la cheffe d'équipe. Cette équipe, composée de 3 étudiants en thèse, 3 ingénieurs, 1 CRCN et 1 post-doctorant, appartient également au département de recherche translationnelle de l'Institut Curie.