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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur d'études

Concours N° 89

 

Nbre de postes : 2
Emploi-type : Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques

1er poste du concours N° 89

Affectation : Institut de Biologie Intégrative de la Cellule, GIF SUR YVETTE
Groupe de fonction : Groupe 2

 

Mission :  
Au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, UMR9198), la mission de l'ingénieur-e d'étude sera de développer ou d'adapter les approches techniques adéquates en virologie, biologie cellulaire, biologie moléculaire et biochimie pour que les projets de l'équipe Rhabdovirus soient menés à bien. De plus, en liaison avec la plateforme Imagerie-Gif, il/elle sera personne référente pour le microscope confocal à disque rotatif installé en environnement L2 et ouvert à la communauté.

 

Activités :  
Activités principales au sein de l'équipe :
- Choisir, développer et adapter les protocoles expérimentaux dans les domaines de virologie, biologie cellulaire et moléculaire, biochimie des protéines.
- Gérer les collections de l'équipe (virus, plasmides, lignées cellulaires, anticorps).
- Rédiger des protocoles détaillés à destination des membres de l'équipe.
- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des approches expérimentales en virologie, biologie cellulaire et biologie moléculaire.
- S'assurer du bon respect des principes et des règles d'hygiène et de sécurité (en particulier en environnement L2).
- Assurer une veille scientifique et technologique dans ses domaines d'activité (en particulier dans le domaine de l'imagerie et de la vectorisation des lentivirus).
- Présenter les résultats expérimentaux lors des réunions de groupe (et en anglais aux partenaires externes).
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications ainsi qu'à la rédaction des comptes
-rendus d'avancement des projets à destination des partenaires.
- Assurer les aspects organisationnels (gestion des stocks et des commande, application des consignes de sécurité, planification des réunions).

Activités transverses :
En coordination avec la plateforme Imagerie-Gif
- Référent-e pour le microscope confocal à disque rotatif installé en environnement L2.
- Participation à la formation des nouveaux utilisateurs.

 

Compétences :  
Connaissances:
- Connaissances approfondies en virologie, biologie cellulaire et biologie moléculaire.
- Connaissances de base en biochimie et en immunologie.
- Connaissance de la réglementation en matière d'hygiène et de sécurité.
- Connaissance du fonctionnement du CNRS (Cadre légal et déontologique).
- Connaissances des tests statistiques de base et utilisation de logiciels appropriés (GraphPad ou autre).
- Maitrise de la langue anglaise niveau B2 ou C1.

Compétences opérationnelles:
- Maitrise et mise en œuvre des techniques en virologie, biologie cellulaire, biologie moléculaire et biochimie.
- Maitrise d'au moins un logiciel de biologie moléculaire (SnapGene ou autre).
- Connaissances générales et expérimentales des techniques de bases d¿imagerie/microscopie de fluorescence (en particulier microscope à épi-fluorescence et microscope confocal à disque rotatif).
- Maitrise de logiciels de traitement d'image (ImageJ).
- Maitrise des logiciels classiques de bureautique (Word, Excel, Power point, Illustrator ou équivalent).
- Capacité à travailler en équipe.
- Capacité à travailler en respectant les règles de confidentialité (partenariats industriels nombreux, dépôts de brevet).

 

Contexte :  
L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, UMR9198, https://www.i2bc.paris-saclay.fr) est une unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. Localisée sur les sites de Gif, d'Orsay et de Saclay, l'unité a un effectif moyen d'environ 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherches, 16 plateformes technologiques de haut niveau. L'ingénieur-e intègrera l'équipe Rhabdovirus, dirigée par Yves Gaudin, qui fait partie du département de Virologie sur le campus CNRS de Gif sur Yvette. Cette équipe développe plusieurs axes de recherche dans les domaines de la virologie structurale et cellulaire. Elle est actuellement constituée de 12 personnels : un directeur de recherche CNRS, une chargée de recherche CNRS,
une professeure de l'Université Paris-Saclay, une ingénieure d'étude, 4 étudiants en thèse, 3 post-docs et une IE en CDD, complétée par deux ou trois stagiaires par an. Elle travaille sur l'entrée des rhabdovirus, l'installation de leur usine virale et les interactions entre le virus de la rage et l'immunité cellulaire. Par ailleurs, elle développe des projets à visée thérapeutique autour du ciblage spécifique de vecteurs viraux vers des cellules d'intérêt en collaboration avec de nombreux partenaires privés et académiques.
Enfin, en étroite interaction avec la plateforme Imagerie-Gif, elle gère un microscope confocal à disque rotatif permettant l'imagerie sur cellules vivantes et installé en environnement P2.
En termes de contraintes, l'équipe intervient donc sur des pathogènes L2. La vaccination antirabique de tous ses membres est obligatoire. L'ingénieur-e pourra être amené-e à se déplacer hors du laboratoire pour la collecte de données expérimentales. Ponctuellement, les expériences peuvent exiger un travail en horaires décalés.

2eme poste du concours N° 89

Affectation : Information génomique et structurale, MARSEILLE 09
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
Au sein du laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS, UMR7256), l'ingénieur.e en expérimentation et instrumentation biologiques a pour mission de concevoir, développer ou adapter des méthodologies existantes et de nouvelles méthodologies de biochimie, biologie moléculaire, cellulaire et d'imagerie.

 

Activités :  
- Concevoir, développer, mettre en œuvre de nouvelles méthodologies.
- Adapter des méthodologies existantes en biologie cellulaire et biochimie pour l'étude des virus géants et de leurs interactions avec leur hôte.
- Production et purification de virus
- Extraction et purification de membranes virales
- Optimisation de protocole de culture d'amibes en suspension pour produire des protéines recombinantes
- Optimisation de la lyse des amibes pour l'extraction de protéines recombinantes
- Purification de protéines par chromatographie d'affinité et tamisage moléculaire
- Veille technologique et implémentation de technologies innovantes permettant de progresser dans les divers projets du laboratoire
- Diffuser et valoriser les résultats de développements méthodologiques sous forme de rapport technique, présentation orale, publication, brevet

Contribuer aux projets scientifiques du laboratoire
- Veille bibliographique
- Participer aux discussions de groupe, proposer des idées, conseiller les collaborateurs
- Choisir, concevoir, mettre en œuvre les techniques nécessaires à l'évolution des projets
- Réaliser des analyses par microscopie électronique
- Effectuer des expériences de transfections et d'expression in vivo de gènes viraux en présence ou en absence d'infection virale

Contribuer au bon fonctionnement de la partie expérimentale du laboratoire
- Maintenir les stocks et gérer les commandes
- Suivre la maintenance correcte des appareillages
- Dialoguer avec les fournisseurs et commerciaux

 

Compétences :  
Savoirs / connaissances
- Expertise en biologie cellulaire,biochimie (théorie, outils, méthodes).
- Maitrise en biologie moléculaire
- Application des méthodes d'observation en microscopie électronique (coloration négative) et photonique
- Anglais niveau B2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues

Savoir-faire
- Mettre en œuvre des techniques de biologie moléculaire, cellulaire, biochimie, microscopie
- Formation à l'utilisation des microscopes électroniques en coloration négative
- Analyse des données et présentation des résultats orale / écrite
- Participation à la rédaction d¿articles scientifiques (méthodologies, figures)

Savoirs-être
- Rigueur, fiabilité
- Réactivité
- Bon relationnel
- Disponibilité
- Communication
- Compétences managériales
- Capacités de dialogue, d'écoute et de pédagogie
- Goût affirmé pour le travail en équipe et la recherche du bien-être collectif au travail

 

Contexte :  
Poste à temps plein et en horaire de jour, l'ingénieur-e est intégré-e au laboratoire Information Génomique et Structurale, (UMR7256 CNRS-AMU https://www.igs.cnrs-mrs.fr). Ce laboratoire comporte aujourd'hui 5 thématiques expérimentales et une équipe de bioinformatique et génomique. L'effectif moyen oscille entre 25 et 30 personnels dont 13 agents titulaires, 3 chercheurs, 3 enseignants chercheurs dont un émérite, 7 ITA dont 2 en expérimental (IR, AI). La thématique du laboratoire est centrée sur l'étude des virus géants infectant des eucaryotes unicellulaires tels que l'amibe Acanthamoeba castellanii. Les méthodologies développées à l'IGS englobent l'isolement de virus à partir d'échantillons environnementaux, la production et la purification de ces virus, l'extraction de leur ADN pour séquencer leurs génomes. L'assemblage et l'annotation des génomes sont réalisés en interne. Les suivis des cycles infectieux sont réalisés par microscopie optique et électronique ainsi que par l'analyse de l'expression des gènes amibiens et viraux le long du cycle infectieux. Les données sont analysées en interne par les bioinformaticiens. Le laboratoire en plus de ses compétences en biologie cellulaire et bioinformatique, possède une expertise en biochimie et en biologie structurale (cristallographie, cryo-EM). Récemment la génétique de l'hôte et des virus géants ont été implémentées au laboratoire. Il s'agit d'un domaine de recherche, pluridisciplinaire, en pleine expansion et très exploratoire par nature, nécessitant une ouverture à l'implémentation de nouvelles méthodologies pour l'étude de ces systèmes atypiques. L'agent recruté devra maîtriser plusieurs disciplines (biochimie, biologie cellulaire, imagerie) et être capable de développer et d'adapter de nouvelles méthodologies quand nécessaire. L'agent recruté devra également pouvoir offrir son support aux différents projets du laboratoire en fonction des besoins du moment.