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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur d'études

Concours N° 91

 

Nbre de postes : 4
Emploi-type : Ingénieur-e en techniques biologiques

1er poste du concours N° 91

Affectation : Adaptation et diversité en milieu marin, ROSCOFF
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur-e sera chargé-e de choisir, adapter, et mettre en œuvre en tant qu'expert.e les techniques de cytométrie en flux au sein de l'équipe Écologie du Plancton Marin (ECOMAP)

 

Activités :  
Activités principales
- Choisir, développer, et appliquer des protocoles associés à l'utilisation de la cytométrie en flux, incluant les étapes de la préparation du matériel biologique (échantillons naturels ou cultures cellulaires) à l'application de techniques spécifiques (par exemple comptage et tri cellulaire, marquage fluorescent)
- Exploiter les résultats des analyses et rédiger les rapports d'études
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications scientifiques
- Garantir le suivi et la qualité des protocoles et des données (conduite FAIR)
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité


Activités transverses
- Contribuer au développement de la plateforme RECYF (Roscoff Environmental Cytometry and Fluidics) à hauteur de 10% du temps de travail : partager les protocoles, participer aux discussions sur les futurs investissements, veille scientifique...
- Préparer et participer aux missions sur le terrain impliquant l'utilisation de la cytométrie en flux

 

Compétences :  
Savoirs
- Connaissances approfondies, théoriques et pratiques en biologie cellulaire et en microbiologie
- Connaissance de la réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Pratique de l'anglais niveau B1 à B2

Savoir-faire
- Maîtriser les techniques de cytométrie conventionnelle et, si possible, automatisée. La connaissance de l'utilisation des appareils du parc de cytométres de la plateforme, incluant 3 analyseurs (NovoCyte Advanteon, Guava EasyCyte, Accuri C6), 1 trieur spectral (Cytek Aurora), 1 FlowCam, constituera un plus. Un cytomètre submersible (Imaging FlowCytobot) est également en cours d'acquisition.
- Maîtriser les outils informatiques de traitement de données (statistiques) et les logiciels dédiés permettant l'analyse de cytogrammes.
- Savoir utiliser les techniques omics, notamment sur cellule unique (par exemple transcriptome sur cellule triée), serait un plus


Savoir être
- Capacité à travailler en équipe
- Analyser les résultats en toute autonomie
- Sens de l'organisation et de l'initiative
- Rigueur/ Fiabilité

 

Contexte :  
L'activité sera exercée au sein de l'UMR 7144 (Adaptation et Diversité en Milieu Marin) de la Station Biologique de Roscoff, un centre de recherche et d'enseignement Sorbonne Université-CNRS en biologie et écologie marines. L'ingénieur-e sera rattaché-e à l'équipe ECOMAP (ECOlogy of Marine Plancton) composée de 39 personnes dont 15 ingénieurs-techinciens (6 permanents, 1 émérite, 8 contractuels) sous la responsabilité de 3 chercheuses CNRS.
Cette équipe s'intéresse à la diversité, écologie, physiologie et évolution du plancton marin et applique la cytométrie en flux à des cultures et échantillons naturels pour des numérations (virus, bactéries, cyanobactéries, protistes libres ou vivant en symbiose), des analyses cellulaires (physiologie, génome, ploïdie, cycle cellulaire) et du tri de populations ou de cellules uniques (pour mise en culture, analyses génomiques et/ou transcriptomiques).
L'ingénieur-e participera à des campagnes d'échantillonnage sur le terrain impliquant l'utilisation de la cytométrie (généralement 1 mission par an).
Il/Elle interagira régulièrement avec le personnel de la plateforme RECYF dont les responsables technique et scientifique et utilisera le parc d'équipements de cette plateforme. L'activité de l'ingénieur-e recruté-e sera soumise à des horaires de travail standard. Toutefois, des aménagements horaires liés aux contraintes de traitements d'échantillons vivants et/ou d'expérimentation au laboratoire ou sur le terrain pourront être nécessaires.
Des formations spécifiques (par exemple en cytométrie automatisée, analyse spectral, ou techniques omics) seront possibles.

2eme poste du concours N° 91

Affectation : Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité, BORDEAUX
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur en techniques biologiques aura pour mission de réaliser et superviser la production de protéines recombinantes procaryotes et eucaryotes et leur caractérisation structurale pour les équipes « Mécanismes des protéines membranaires » et « Structure et fonction des nanomachines bactériennes » au sein de l'unité Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité MFP UMR 5234. Il/elle sera responsable de l'organisation et de la gestion des aspects fonctionnels de l'équipe.

 

Activités :  
- Choisir, développer et conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de techniques de préparation et d'analyse des échantillons biologiques (culture de cellules bactériennes, d'insectes et de mammifères et expression de protéines ; purification de protéines par chromatographie liquide - affinité, exclusion de taille ; biochimie et biophysique des protéines - électrophorèse sur gel, spectroscopie de fluorescence, calorimétrie)
- Déterminer la structure de protéines par cryo-microscopie électronique CryoEM
- préparation cryogénique des échantillons, utilisation de base du microscope électronique, criblage des échantillons
- Exploiter et présenter les résultats des analyses
- Rédiger des rapports d'expériences ou d'études, des notes techniques
- Gérer et organiser les moyens techniques dans le cadre d'un projet scientifique
- Gérer et organiser les laboratoires de niveau L2 pour les procaryotes et les eucaryotes
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
- Maintenance du matériel de laboratoire et commandes de consommables

 

Compétences :  
- Connaissance de la biologie moléculaire et ou structurale
- Maitrise des techniques de biologie moléculaire, cellulaire, microbiologie, biologie structurale et biophysique
- Savoir utiliser les logiciels spécifiques à l'activité (connaissances de base de l'analyse des données exemples)
- Connaitre les règles d'hygiène et de sécurité et les faire appliquer
- Être capable de concevoir des dispositifs expérimentaux pour la culture cellulaire, l'expression et la purification de protéine, notamment de protéines membranaires.
- Rédiger des documents scientifiques
- Savoir travailler en équipe
- Maitrise de la communication orale et écrite en Anglais niveau B1 selon le cadre européen commun de référence

 

Contexte :  
L'ingénieur-e travaillera avec deux équipes de l'unité Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité UMR 5234 spécialisés en biologie structurale sous la responsabilité des deux responsables. Ces équipes sont localisées à l'Institut Européen de Chimie et Biologie situé à Pessac (33). Elles s'intéressent au fonctionnement de nanomachines moléculaires bactériennes et humaines et sont entièrement équipées pour la production de protéines à grande échelle et la détermination structurale à l'aide de la CryoEM, et ont accès à un certain nombre de plateformes d'imagerie et de biophysique.
La prise de fonction pourra s'accompagner de formations dans les domaines suivants : travail en L2, autoclave, gestion de logiciel administratifs, etc.

3eme poste du concours N° 91

Affectation : Microbiologie Moléculaire et Biochimie Structurale, LYON 07
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
Au sein du laboratoire "Molecular Microbiology and Structural Biochemistry"
(MMSB),l'ingénieur-e d'études devra concevoir, optimiser, réaliser et développer
de nouvelles méthodologies en microbiologie moléculaire et cellulaire au sein de
l'équipe « Signalétique et asymétrie de la cellule bactérienne ». Il/Elle sera
également responsable du fonctionnement d'un microscope à épifluorescence en
bactériologie.

 

Activités :  
- Concevoir et mettre en œuvre des techniques de biologie moléculaire
(PCR,clonage, génétique bactérienne) et de biologie cellulaire (culture,
cytométrie en flux, microscopie à épifluorescence et analyse à l'aide de
logiciels d'analyse d'images (Fiji)) pour i) caractériser la progression du cycle
cellulaire, ii) quantifier l'activité de régulateurs transcriptionnels iii) et
analyser la localisation spatiale des protéines

- Rédiger des procédures techniques des expériences

- Former les nouveaux membres de l'équipe à l'ensemble des techniques utilisées
dans le laboratoire-et les membres de l'unité à l'utilisation du microscope
optique à épifluorescence

- Participer à la gestion des stocks et des commandes

 

Compétences :  
Connaissances:
- Connaissances théoriques et techniques en biologie moléculaire et dans la
culture et la génétique bactérienne.
- Connaissances approfondies de la microscopie optique à épifluorescence et des
logiciels d'analyses d'images (ImageJ, MicrobeJ,...).
- Connaitre la manipulation des bactéries à Gram-Négatif et potentiellement de
Caulobacter crescentus serait un plus.
- Bonne connaissance de la langue anglaise écrite et orale niveau B1 à B2 du
cadre européen commun de référence des langues

Savoir-faire opérationnels:
- Expertise technique en biologie moléculaire (clonage) et génétique bactérienne
(construction de mutants).
- Savoir utiliser la microscopie à épifluorescence sur cellules bactériennes
vivantes et
fixées.
- Maitriser les techniques d'extraction et quantification de l'ADN génomique
et plasmidique (PCR quantitative) et de l'ARN (Reverse-transcription couplée à la
PCR quantitative) et de détection des protéines (western-blot)
- Connaitre et faire respecter les bonnes pratiques de laboratoire
- Habilitation à l'utilisation des autoclaves (formation possible)

Savoir-être:
- Savoir travailler en équipe et avec différents interlocuteurs
- Etre rigoureux.se et organisé. e

 

Contexte :  
L'unité de Recherche MMSB du CNRS est situé dans le quartier de Gerland au sud de
Lyon. L'unité est classée en zone à Régime Restrictif (ZRR) et est composée de
11 équipes regroupant environ une centaine de personnes. L'activité est dédiée à
la caractérisation de la biologie des micro-organismes pathogènes (bactéries,
virus, parasites) à l'échelle moléculaire et cellulaire.
L'ingénieur-e travaillera dans l'équipe "Signalétique et asymétrie de la cellule
bactérienne" sous la responsabilité du chef d'équipe.
Elle/il contribuera aux différentes thématiques de recherche de cette équipe qui
comprend actuellement 5 personnels (2CR, 1 postdoc, 1 IE CDD, 1 étudiant) et qui
étudie les régulations spatiales et temporelles qui contrôlent la progression du
cycle cellulaire de la bactérie Caulobacter crescentus.
L'ingénieur.e d'études interagira également avec les personnels des autres
équipes de l'unité pour la formation et l'utilisation du microscope optique à
épifluorescence motorisé de l'équipe d'accueil et à la responsabilité de certains
équipements communs de l'unité pour lesquels il/elle aura une expertise. Cette
tache représentera un maximun de 10% de son temps de travail et concernera une
vingtaine d'utilisateurs potentiels. Il/elle sera également susceptible de
contribuer aux offres de service de l'unité concernant ce type d'analyse vers des
laboratoires extérieurs et notamment les unités de recherche du campus de
Gerland.
Elle/Il pourra être accompagné.e dans sa prise de fonction sur par les membres de
l'équipe et de l'unité formés sur les différentes techniques qu'il/elle devra
mettre en oeuvre.

4eme poste du concours N° 91

Affectation : Institut Galien Paris-Saclay, ORSAY
Groupe de fonction : Groupe 2

 

Mission :  
L'ingénieur. e expert.e en culture cellulaire assurera en tant que responsable le fonctionnement d'un service commun et conduira en spécialiste des mesures sur cellules exposées à des molécules ou des systèmes galéniques développés par les deux unités (viabilité, toxicité, secrétion de cytokines, internalisation de nanoparticules, western blot , etc.).

 

Activités :  
- Adapter, proposer, développer les technologies d'analyse et d'expérimentation (viabilité, toxicité, secrétion de cytokines, internalisation de nanoparticules etc...) pour l'évaluation biologique des molécules ou systèmes galéniques et interprêter les données.
- Assurer la qualité, la traçabilité et le maintien (Cryopréservation) des lignées cellulaires murines et humaines: test de détection des mycoplasmes en routine, collecte des données et résultats obtenus sur les différentes lignées.
- Assurer la formation théorique et pratique des étudiants en culture cellulaire, l'accompagnement des chercheurs à long terme dans leurs projets et conseiller les utilisateurs, sur les techniques ainsi que sur l'interprétation des données.
- Rédiger des documents techniques (en français et en anglais), des supports de formation, et organiser des réunions d'information. Participer à la rédaction des demandes d'appels à projet, des financements pour de nouveaux équipements.
- Organiser et contrôler l'utilisation de l'appareillage et des postes de travail.
- Assurer l'entretien et la maintenance préventive du matériel : 6 Postes de Sécurité Microbiologiques (PSM), 3 incubateurs, 2 microscopes, 1 cytomètre de flux, calibration des pipettes.
- Sensibiliser à l'Hygiène et la Sécurité et contrôler le respect des bonnes pratiques de laboratoire dont l'élimination correcte des déchets biologiques et chimiques
- Gérer le stock et les commandes des consommables et des réactifs.
- Suivre les évolutions dans le domaine par la veille bibliographique.

 

Compétences :  
- Connaissances approfondies des techniques de Biologie cellulaire et moléculaire
- Maîtrise de la Culture Cellulaire
- Connaissances générales en imagerie, protéomique.
- Connaissance des principes éthiques et des réglementations afférentes et de la réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Langue anglaise : B1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Compétences opérationnelles :
- Maîtriser les techniques de biologie (Western Blot, électrophorèse sur gel de polyacrylamide (SDS-PAGE) et d'agarose, extraction d'Acides DesoxyRibonucléiques (ADN) et les règles de manipulation de lignées cellulaires humaines et murines notamment
- Savoir utiliser les logiciels et appareils spécifiques à l'activité : microscope optique, cytomètre en flux, poste de sécurité microbiologique (hotte à flux laminaire)
- Avoir un sens de l'organisation et savoir hiérarchiser les priorités
Certaines compétences pourront être acquises via des Formations.

 

Contexte :  
L'ingénieur(e) sera rattaché.e à deux unités l'Institut Galien Paris Saclay pour 55% et BioCIS pour 45%, sous la responsabilité des Directeurs d'Unité respectifs. Les deux unités occupent des locaux neufs au sein du bâtiment 670 Henri Moissan sur le plateau de Saclay. La plateforme mutualisée de l'IGPS possède une surface de Labo de 100 m² (10 personnes).

L'Unité Mixte de Recherche IGPS est constituée de 6 équipes et cumule un effectif d'environ 120 personnes. L'IGPS conçoit de nouveaux systèmes pharmaceutiques pour la délivrance contrôlée ou ciblée et l'administration des médicaments. Elle développe particulièrement des nano-médicaments et explore de nouvelles voies d'administration des médicaments. Elle développe également de nouvelles stratégies de diagnostic dont la plupart reposent sur les nanotechnologies.

L'Unité Mixte de Recherche BioCIS est constituée de 5 équipes et compte environ 116 personnes. Elle possède une expertise reconnue dans le domaine des substances naturelles biologiquement actives, le développement de méthodologies de synthèse, ainsi que la conception rationnelle de nouvelles entités chimiques à visée thérapeutique.

Un restaurant administratif est à disposition sur le site.
Les unités apportent une importance particulière au bien-être de leurs agents et aux conditions de travail.
Astreintes possibles pour finaliser des expériences.
Formations possibles pour les agents infectieux, si besoin.