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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur d'études

Concours N° 90

 

Nbre de postes : 4
Emploi-type : Ingénieur-e en techniques biologiques

1er poste du concours N° 90

Affectation : Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule, LYON 07
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
La mission principale de l'ingénieur(e) d'études en techniques biologiques sera
de développer et mettre en œuvre des expériences de génétique moléculaire dans
le cadre de recherche sur l'organisation 3D et la réparation de l'ADN chez la
levure S. cerevisiae. Il/elle exercera également une fonction transversale
reposant sur des méthodes de séquençage d'ADN à haut-débit pour l'unité.

 

Activités :  
-Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, des expériences basées sur
du séquençage à haut-débit (librairies Illumina et Nanopore) et un ensemble de
techniques de génétique et biologie moléculaire (croisements, dissections,
transformation, génotypage, culture, et congélation de bactéries et de levures;
microscopie, cytométrie)
-Mettre en oeuvre des approches de biologie synthétique et d'ingénierie
génétique tel que l'assemblage de large régions génomiques chez la levure S.
cerevisiae
-Développer des méthodologies basées sur la génomique spatiale à haut-débit (Hi-
C,Capture-C)
-Coordonner, conseiller et former les personnels de l'unité et extérieur pour la
réalisation d'expériences de génomique à haut-débit
-Gérer et organiser les moyens techniques nécessaires à la mise en œuvre des
projets scientifiques (grouper les achats, suivre un parc d'équipements,
standardiser les procédures)
-Diffuser et valoriser des résultats sous forme de présentations orales et de
publications dans le domaine
-Participer à des réseaux professionnels, des collaborations internationales, et
des comités techniques
-Assurer une veille technologique dans son domaine d'activité et proposer des
technologies innovantes

 

Compétences :  
*Connaissances*
-Connaissances approfondies de la Génétique moléculaire de la levure S.
cerevisiae.
-Connaissances générales des Mécanismes de recombinaison de l'ADN, de
l'organisation 3D de la chromatine et de la méiose
-Connaissances de la réglementation en hygiène et sécurité et des bonnes
pratiques de laboratoire

*Savoir-faire opérationnels*
-Capacité à développer et optimiser des protocoles expérimentaux
-Maitriser les techniques de génétique moléculaire, de génomique spatiale à
haut-débit (Hi-C, Capture-C) et du séquençage à haut-débit (Illumina et
Nanopore)
-Maitriser les méthodes d'édition génomique de grande ampleur (éditions
multiples, assemblage de grandes régions synthétiques) notamment chez S.
cerevisiae.
-Langue anglaise oral et écrit: B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour
les langues).

*Savoir-être*
-Avoir un goût prononcé pour le travail en équipe et le partage des savoirs et
savoir-faire
-Savoir gérer les relations avec des interlocuteurs variés en interne et en
externe
-Témoigner d'une capacité à mener plusieurs projets différents en parallèle et à
gérer les priorités et imprévus

 

Contexte :  
L'UMR5239 Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (CNRS-ENS-
INSERM-UCBL), localisé à l'Ecole Normale Supérieure de Lyon se compose de 115
membres répartis en 17 équipes de recherche. Le LBMC est spécialisé dans l'étude
des mécanismes moléculaires fondamentaux des cellules en couplant approches de
biologie quantitative et de la modélisation mathématique et/ou physique des
processus biologiques.

L'ingénieur(e) intégrera l'équipe de recherche « mécanique du génome » et sera
placé sous la direction du chef d'équipe composée de 6 personnels. Cette équipe,
créée en 2020, étudie le mécanisme moléculaire de la recombinaison de l'ADN et
sa régulation par l'organisation 3D de la chromatine en mitose et méiose chez
l'eucaryote modèle S. cerevisiae.

Une part importante de l'activité expérimentale du LBMC repose sur des méthodes
de séquençage d'ADN à haut-débit en perpétuelle évolution. Outre son
rattachement à l'équipe (40% du temps), l'ingénieur(e) assurera une fonction
transversale au sein du LBMC dans ce domaine (60% du temps).

2eme poste du concours N° 90

Affectation : Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay, ORSAY
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur/ l'ingénieure a pour mission d'apporter un soutien à l'équipe SILEG (« signalling pathways controlling legume root system development ») dans la formation et la mise en oeuvre de techniques moléculaires, cellulaires, et génétiques sur les projets de l'équipe d'accueil et sur le plateau d'édition des génomes de l'unité de recherche IPS2.

 

Activités :  
1) au sein de l'équipe SILEG :
- Concevoir, développer, et mettre en œuvre des techniques moléculaires, cellulaires et génétiques standards (qPCR, clonages, suivi de marqueurs colorimétriques et fluorescents, croisements, génotypage par PCR)
- Suivre les évolutions techniques et developer de nouvelles procédures expérimentales dans les domaines précédement mentionnés
- Former les nouveaux arrivants dans l'équipe sur ces techniques
- Suivre les stocks de consommables, kits et réaliser les commandes
- Appliquer et faire appliquer les règles H et S
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications en français et en anglais

2) au sein du plateau technique IPS2 d'édition des génomes :
- Aide et formation aux approches d'édition des génomes sur différentes plantes d'intérêt agronomique (légumineuses, tomate) en relation avec les équipes
- Assurer la formation des utilisateurs,
- Responsabilité H&S et d'équipements communs (maintenance des équipements liés à la culture in vitro)
- Effectuer une veille technique sur les innovations technologiques du domaine

 

Compétences :  
- Maîtrise de différentes méthodologies en biologie végétale et en biologie moléculaire, cellulaire et génétique standard (qPCR, clonages, suivi de marqueurs colorimétriques et fluorescents, croisements, génotypage par PCR)
- Idéalement, connaissance des techniques de modification génique par CRIPSR-Cas9
et des analyses statistiques et programmation sous R.
- Maitrise des logiciels de bureautique (word, excel, powerpoint),
- Niveau d'anglais écrit et parlé B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Capacité de rédaction de procédures techniques (protocoles, consignes sécurité)
- Savoir faire preuve de rigueur scientifique
- Savoir interagir avec différents interlocuteurs
- Capacité d'adaptation
- Savoir transmettre ses connaissances.

 

Contexte :  
L'IPS2, localisée au sein de l'Université Paris-Saclay à Gif sur Yvette (Essonne), est une UMR impliquant le CNRS qui comprend environ 200 personnes. Les objectifs scientifiques de l'IPS2 sont de mieux comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par des signaux endogènes et exogènes d'origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique.
Le poste sera positionné dans l'équipe d'accueil, composée actuellement de 10 personnes, « Signalling pathways controlling legume root system development » (SILEG) qui s'intéresse à comprendre comment les symbioses fixatrices d'azote chez les plantes légumineuses sont régulées par des signaux intrinsèques (hormones, peptides de signalisation) et extrinsèques (disponibilité en azote et stress abiotiques liés au changement climatique). . L'activité au sein de l'équipe SILEG et l'activité transversale au sein du plateau d'édition des génomes IPS2 (25 à 50% de l'activité) seront toutes deux sous la responsabilité hiérarchique du chef de l'équipe d'accueil.

L'IE recruté sera le/la seul-e ingénieur-e de l'équipe SILEG ainsi que du plateau d'édition des génomes actuellement en cours de construction. A terme, l'IE aura sous sa responsabilité l'encadrement fonctionnel d'autres Ingénieurs et Techniciens. Le travail sera associé à l'ensemble de l'équipe SILEG (actuellement 10 personnes), et il est attendu que le plateau implique environ 10 utilisateurs / an.

La formation continue de l'IE recruté sera fortement encouragée.

3eme poste du concours N° 90

Affectation : Institut pour l'avancée des biosciences, LA TRONCHE
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur-e en techniques biologiques met en œuvre et assure une expertise opérationnelle sur un ensemble de protocoles et de technologies spécifiques pour l'analyse de l'épigénome et de la chromatine au sein du plateau d'expertise partagée en biologie de la chromatine de l'unité (60%). Il/elle contribue également aux projets de recherche fondamentaux et translationnels portés par l'équipe (40%).

 

Activités :  
-Choisir, développer, réaliser, adapter et actualiser des protocoles pour l'analyse de la chromatine (épigénomique): génomique et épigénomique, dosages biologiques et biochimiques, analyse des protéines, cytométrie, techniques -omiques en cellule unique

-Conseiller, encadrer et former les utilisateurs internes et externes du plateau d'expertise sur les techniques, leurs limites, les méthodes d'analyse leur interprétation

-Tenir un cahier de laboratoire informatisé et rédiger des rapports d'expériences ou d'études, ainsi que des notes techniques

-Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications

-Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

-Connaître et faire appliquer les réglementations liées aux bonnes pratiques en laboratoire, à l'utilisation d'échantillons issus de protocoles cliniques ou expérimentaux et à la sécurité et l'hygiène sur le lieu de travail

-Participer à la gestion des moyens techniques, humains et financiers alloués au plateau : gérer le budget, les stocks, les commandes et le suivi de facturation des services aux utilisateurs

-Assurer la métrologie, les contrôles systématiques et la maintenance de premier niveau des appareils du plateau (partitionneur de cellules, instruments pour la quantification de l'ADN et de l'ARN)

 

Compétences :  
Savoir
-Connaissance avancée en biologie cellulaire et moléculaire
-Connaissance générale en physique, chimie et calcul mathématique
-Connaissance de la règlementation en matière d'hygiène et de sécurité en laboratoire
-Langue anglaise : B1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Savoir-faire
Maitriser les techniques de :
-Biologie moléculaire : purification, dosage et analyse de protéines et d'acides nucléiques, gels, blots, PCR, clonage
-Biologie cellulaire : culture cellulaire, transfection, cytométrie
-Techniques -omiques appliquées à la chromatine : RNA-seq, Cut&Run/Cut&Tag, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C, méthylome, transcriptome naissant

-Un savoir-faire en microfluidique et/ou en techniques -omiques en cellule unique serait un plus

Savoir utiliser les logiciels et les ressources informatique spécifiques à l'activité :
-Suite Office (Word, Excel, Powerpoint)
-Traitement bioinformatique de données complexes (notamment données de séquençage)
-Bases de données publiques dans le domaine spécialisé

Savoir-être
-Travailler en équipe
-Transmettre ses connaissances théoriques et techniques
-Être capable d'établir des priorités, hiérarchiser les tâches et de s'organiser en autonomie
-Faire preuve d'adaptabilité (à la diversité des projets et des utilisateurs) et d'ouverture à l'international avec une capacité à évoluer dans un environnement multiculturel

 

Contexte :  
L'Institut pour l'Avancée des Biosciences (IAB) est un centre de recherche du CNRS/UGA/Inserm (https://iab-grenoble.fr/) situé sur le site Santé de Grenoble. Il regroupe 19 équipes de recherche et 5 plateformes dont l'objectif partagé est de comprendre les mécanismes de la reprogrammation de l'épigénome et de la plasticité cellulaire sous l'influence de l'environnement physique, chimique, métabolique, cellulaire, microbiologique et immunologique. La stratégie scientifique de l'IAB est basée sur la combinaison d'expertises couvrant tout le continuum de la biologie, des molécules aux populations, appliquées à cinq défis mondiaux pour la santé : les cancers, les infertilités, les infections parasitaires, les expositions environnementales en vie précoce et les thérapies expérimentales.

Au sein du Département Signalisation et Chromatine et sous la supervision hiérarchique du chef de l'équipe Epigénétique de la Régénération et du Cancer, l'ingénieur-e développe un plateau d'expertise sur la dynamique de l'épigénome normal et pathologique (analyse des nucléosomes et des protéines le long du génome, l'analyse des modifications de l'ADN et de l'ARN et de l'organisation 3D du génome.
Ce plateau sera ouvert à l'ensemble de l'unité pour une projection d'utilisation estimée à 50 utilisateurs directs réguliers. Il/elle contribue également aux projets de l'équipe « Contrôle Épigénétique de la Transcription » visant à comprendre les bases épigénétiques de la plasticité cellulaire dans la régénération et le cancer dans le but d'identifier des mécanismes actionnables.

Les activités pourront comprendre la manipulation d'échantillons cryopréservés sous azote liquide (LN2) et, occasionnellement, l'utilisation de composants nocifs ou à risque biologique (L2)

Des formations et un accompagnement à la prise de fonction pourront être proposés à l'agent.

4eme poste du concours N° 90

Affectation : Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement, Nice, NICE
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'Ingénieur-e aura pour mission de choisir, d'adapter et de mettre en œuvre les
techniques de biologie moléculaire et cellulaire relatives à l'études des
mécanismes et des pathologies liés au vieillissement au sein de l'équipe «
oncogenèse et réponse au stress » en utilisant différents modèles murins.

Il/elle sera responsable de l'organisation et de la gestion des aspects
fonctionnels de l'équipe (Lab Manager).

 

Activités :  
Activités dans l'équipe de recherche « oncogenèse et réponse au stress » :

- Réaliser les expériences à analyser à l'aide de techniques de biologie
moléculaire et cellulaire ( PCR en temps réel, Westernblot, ELISA, mesures de
sénescence cellulaire, de prolifération, d'apoptose, demigration et de l'activité
phagocytaire par microscopie et cytométrie)
- Réaliser l'isolement et le phénotypage de différents sous-types de cellules
immunitaires et sénescentes
- Concevoir et réaliser des expériences in vivo sur des souris et les analyser
dans le domaine de la sénescence et de l'immunologie

Activités associées (« Lab Manager » de l'équipe) :

- Mettre en place ou développer de nouvelles techniques et de nouveaux protocoles
pour l'analyse de différents types de cellules immunitaires et sénescentes
- Former les membres du laboratoire ou utilisateurs
- Aider au suivi des élevages des colonies de souris hébergées au sein de la
plateforme d'expérimentation du vivant et à l'expérimentation. ( génotypage et
réalisation d'expériences pour l'équipe)
- Veiller à l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité
- Garantir la veille scientifique et technologique des ressources de l'équipe.

 

Compétences :  
- Connaissance approfondie des techniques de base de la biologie cellulaire et de
la biologie moléculaire
- Connaissance approfondie de la biologie du vieillissement, de la sénescence
cellulaire et du cancer.
- Connaissances des principes éthiques et de la réglementation en matière
d'expérimentation animale,
- Maîtrise de la manipulation des souris et de l'utilisation de modèles murins
transgéniques. Formation réglementaire à l'expérimentation animale, niveau
opérateur (ex-niveau 2) exigée.
- Connaissance théorique et pratique des techniques et protocoles de dépistage
de différentes bibliothèques chimiques
- Expertise dans l'utilisation des équipements pour le criblage à haut débit avec
l'utilisation de différentes chimiothèques et pharmacothèques ( microscopes,
cytomètres, lecteurs de plaques à Fluorescence, luminescence), et les
manipulateurs acoustiques de liquides.
- Capacité à analyser, valider et transmettre sous forme orale, écrite et
graphique les résultats des différents tests effectués.
- Capacité à organiser, à conduire des réunions scientifiques et à travailler en
équipe
- Bonne expression écrite et orale en anglais : niveau B2

- Sens de l'organisation et des responsabilités
- Rigueur, fiabilité
- Savoir travailler en autonomie

 

Contexte :  
L'IRCAN (l'institut de recherche sur le cancer et le vieillissement, Nice) est
une unité mixte de recherche sous la tutelle de l'Université Nice Côte d'Azur, du
CNRS et de l'Inserm, située au cœur du pôle hospitalo-universitaire Pasteur de
Nice.
Ses recherches visent à comprendre les mécanismes biologiques unissant le
vieillissement et les cancers, avec une attention particulière portée sur le rôle
joué par l'épigénétique, le microenvironnement cellulaire et les réponses au
stress.
Ce laboratoire est composé de plus de 200 chercheurs, Ingénieurs techniciens,
post doctorants et étudiants répartis en 15 équipes de recherche et 5 plateformes
technologiques.
L'ingénieur ou l'ingénieure exercera son activité au sein de l'équipe de
recherche "Oncogenèse et réponse au stress sous la direction de Dmitry BULAVIN.

Astreintes et conditions d'exercice : l'activité peut nécessiter l'adaptation à
des contraintes de services et d'horaires ainsi que la connaissance de
réglementations spécifiques (expérimentation animale).

Travail éventuel en milieu confiné ou zone protégée