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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur d'études

Concours N° 77

 

Nbre de postes : 1
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données


Affectation : Architecture et Réactivité de l'ARN, STRASBOURG
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur-e d'études (H/F) sera chargé-e du traitement et de la gestion des
données omiques produites par séquençage à haut débit (RNA-seq, SHAPE-MaP, MIME,
PAR-CLIP, RIP-Seq, ribosome profiling, MAPS, LIGR-Seq..) dans le cadre des projets
reliés aux ARN et à leurs réseaux d'interactions dans divers organismes
(mammifères, bactéries) et pathogènes de l'homme (virus, bactérie).
L'ingénieur-e mettra en œuvre les outils bioinformatiques et statistiques
appropriés et réalisera les développements nécessaires pour l'analyse et
l'interprétation des données.

 

Activités :  
- Assurer le lien avec les plateformes de séquençage,
- Collecter, contrôler et organiser le stockage des différents jeux de données,
- Définir les protocoles d'analyse à appliquer en fonction des projets,
- Choisir et mettre en œuvre les outils bioinformatiques et statistiques les plus
adaptés aux données et aux questions biologiques posées,
- Mettre en forme et présenter les travaux réalisés auprès des collaborateurs,
- Accompagner et conseiller les biologistes sur les méthodes à employer,
- Assurer une veille scientifique et technologique.

 

Compétences :  
Connaissances :
- Connaissances théoriques et pratiques en bioinformatique, statistique et
informatique associées à des compétences générales en génomique et
transcriptomique,
- Maitriser la langue anglaise niveau B2 selon le cadre européen commun de
référence pour les langues,
- Maitriser les systèmes d'exploitation Unix/Linux et les langages de
programmation tels que Python, R, et Bash,
- Maitriser les outils statistiques adaptés à l'analyse des données omiques,

Savoirs faire

- Être capable de travailler en interaction avec d'autres bioinformaticiens de la
plateforme BigEst, et des équipes de recherche concernées,
- Expérience dans l'utilisation d'outils et de bases de données biologiques pour
l'analyse de données de séquençage à haut débit,

Savoirs être :

- Être autonome et organisé.

 

Contexte :  
L'ingénieur (H/F) travaillera dans l'unité « Architecture et Réactivité de l'ARN »
localisée à l'IBMC. Cette unité est composée de 12 équipes dont la plupart utilise
les techniques de séquençage à haut débit avec l'objectif de faire progresser les
connaissances sur les fonctions des ARN, notamment ceux qui exercent une fonction
clé dans le décodage de l'information génétique, le contrôle de l'expression des
gènes et la réplication virale.
Sous la responsabilité du directeur d'unité et à la demande des équipes,
l'ingénieur travaillera de manière autonome. Il devra s'adapter à un domaine en
constante évolution et bénéficiera d'un environnement scientifique stimulant et
ouvert. Il devra collaborer avec l'ingénieure bioinformaticienne de l'unité qui
est responsable en partie de ces analyses bioinformatiques, mais aussi du
développement d'approches et d'outils applicables à la protéomique et l'analyse
des bases modifiées par spectrométrie de masse.
Situé sur le campus de l'Esplanade (campus universitaire), l¿IBMC est accessible
en transport en commun (Tram, bus). Le campus dispose d¿un Restaurant
administratif (Agricas) très proche.