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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur de recherche

Concours N° 1

 

Nbre de postes : 2
Emploi-type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en analyse de données

1er poste du concours N° 1

Affectation : Écologie Société Evolution, GIF SUR YVETTE
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
Le/La bio-informaticien.ne aura pour mission d¿assurer l'analyse des données génomiques et transcriptomiques issues de communautés microbiennes environnementales (métagénomes, métatranscriptomes), ainsi que de microorganismes procaryotes et eucaryotes non cultivés, obtenus par des approches de type « single-cell ».

 

Activités :  
1. Construire et maintenir des bases de données de séquences (méta)génomiques et (méta)transcriptomiques :
- Concevoir, adapter et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques et des analyses biostatistiques.- Garantir l'organisation et la maintenance des bases de données de séquences intégrant des métadonnées.
- Contrôler la qualité, décontaminer et assembler les séquences.

2. Analyser les données de séquence :
- Annoter la fonction des gènes et inférer des voies métaboliques.
- Réaliser des analyses phylogénétiques et phylogénomiques.
- Produire et annoter des MAGs (metagenome-assembled genomes).
- Construire des réseaux d'interactions géniques au sein des génomes, transcriptomes et métagénomes.
- Identifier et caractériser des séquences virales, des plasmides et d'autreséléments égoïstes.

3. Administrer les ressources informatiques :
- Administrer le cluster informatique (800 cœurs), tant au niveau matériel que logiciel.
- Administrer les comptes utilisateurs du cluster (15-25 personnes selon les périodes).
- Réaliser une veille technologique sur le traitement bioinformatique des données de séquençage à haut débit (Illumina, Nanopore, etc.) ainsi que sur l'utilisation d'approches structurelles et d'intelligence artificielle.
- Gérer les moyens techniques et financiers alloués au cluster.

4. Former les personnels et travailler en équipe :
- Former les membres de l'équipe (étudiants, postdoctorants, enseignants- chercheurs) à l'analyse de séquences génomiques et métagénomiques.
- Conseiller et accompagner les collaborateurs externes.

5. Participer à la valorisation :
- Diffuser les résultats via des publications scientifiques, des séminaires et des présentations en congrès.
- Contribuer à l'élaboration et à la soumission de projets.

 

Compétences :  
1. Savoirs :
- Connaissance approfondie du système Linux, des langages de programmation (Perl, Python) et des bases de données (SQL).
- Connaissance approfondie des méthodes d'analyse de jeux de données massifs de séquences : assemblage et annotation fonctionnelle des gènes.
- Conception et implémentation de pipelines bioinformatiques adaptés aux questions biologiques.
- Biostatistique.
- Microbiologie environnementale et biologie évolutive.
- Maîtrise de l'anglais (écrit et oral).
- Rédaction scientifique : articles, rapports, demandes de projets.

2. Savoir-faire :
- Analyser des métagénomes ainsi que des génomes et des transcriptomes de procaryotes et d'eucaryotes microbiens.
- Caractériser des séquences virales et d'autres éléments génétiques mobiles.
- Assembler de MAGs (metagenome-assembled genomes), en mode automatique et encuration manuelle.
- Inférer et interpréter des réseaux d'interactions entre gènes et entre micro-organismes.
- Réaliser des analyses de phylogénie moléculaire et de phylogénomique.

3. Savoir-être :
- Intérêt pour l'application des nouvelles technologies à l'analyse de séquences(par exemple, intelligence artificielle).
- Aptitude à former des étudiants et à travailler en équipe pluridisciplinaire.
- Capacité à travailler en collaboration, au niveau national et international.
- Rigueur et organisation.
- Réactivité.

 

Contexte :  
L'unité Ecologie, Société et Evolution (ESE, https://www.ese.universite-paris-saclay.fr/) est une unité mixte de recherche CNRS, AgroParisTech et Université Paris-Saclay, qui conduit des recherches en écologie et évolution visant à étudier l'origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l'évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L'unité est localisée sur le plateau de Saclay (91), bientôt accessible par la ligne de métro 18, et compte environ 140 personnes réparties dans 7 équipes de recherche et 3 plateformes. La personne recrutée sera placée sous la responsabilité directe du responsable de l'équipe DEEM Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes (https://www.deemteam.fr/fr/). Elle travaillera au sein de l'équipe DEEM (environ 30 personnes dont 8 titulaires). Elle aura accès à un cluster de calcul maintenu par l'équipe et pleinement opérationnel pour les activités liées au poste.

2eme poste du concours N° 1

Affectation : Institut des Sciences de l'Évolution de Montpellier, MONTPELLIER
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
L'ingénieur-e de recherche aura pour missions principales la prise en charge des besoins en calcul intensif et en stockage, ainsi que l'accompagnement et la formation en bio-informatique à l'échelle de l'UMR (Unité Mixte de Recherche) .

 

Activités :  
-Coordonner la gestion et l'accès aux ressources de calcul et de stockage internes à l'UMR et externes (centres de calcul, infrastructures HPC), notamment en développant des outils facilitant l¿accès à ces ressources
-Coordonner les stratégies d'analyse de données adaptées aux projets et besoins des utilisateurs dans différents domaines des sciences de l'évolution et de l'écologie
-Former, en interne et en externe, aux concepts et outils de bio-informatique et du calcul intensif, aux bonnes pratiques de de développement de code et d'analyse des données, et produire des guides d'utilisation
-Conseiller les utilisateurs dans le choix et l'utilisation d'outils bio-informatiques et dans l'analyse statistique de larges volumes de données; accompagner l'évaluation et la reproductibilité des codes et des résultats
-Développer des outils facilitant l'accès à l'informatique scientifique pour des biologistes et écologistes
-Assurer la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité
-Gérer les moyens techniques et financiers alloués à la bio-informatique et au calcul intensif dans l'UMR et contribuer à la définition des orientations techniques de l'unité

 

Compétences :  
Savoirs :
-Maîtrise des concepts et outils de bio-informatique et d'administration système (Linux)
-Maîtrise des méthodes statistiques et outils logiciels en biologie évolutive et écologie
-Maîtrise d'un ou plusieurs langages de programmation utilisés dans les domaines de recherche de l'UMR (Python, R, Julia..) et des environnements de développement associés
-Connaissance des concepts et outils du calcul scientifique (HPC, gestion des ressources, parallélisation)
-Compréhension des enjeux de l'utilisation de l'intelligence artificielle en bio-informatique
-Réglementation en éthique des données et sécurité informatique
-Langues : français (courant) et anglais: niveau B2 à C2 (communication avec les agents non-francophones, réalisation de rapports, présentations orales et publications).

Savoir-faire :
-Autonomie dans l'administration d'environnements Linux
-Expérience confirmée dans l'analyse de larges volumes de données (développement de scripts ou pipelines d'analyses reproductibles: -omiques, biologie évolutive, écologie)
-Maîtrise du calcul intensif sur infrastructures HPC : ordonnancement des tâches (Slurm) et optimisation des pipelines et workflows bioinformatiques
-Expérience dans la mise en œuvre de solutions de calcul scientifique (déploiement ou administration de ressources)
-Expérience dans la mise en œuvre de solutions de stockage massif de données (déploiement ou gestion des accès)
-Transfert des connaissances et formation des utilisateurs
-Expérience dans l'interaction avec des réseaux métiers : informatique et biologie (ingénieurs système, bioinformaticiens, chercheurs)

Savoir-être :
-Excellent sens du relationnel et capacité d¿écoute et d'interaction avec les utilisateurs sur les questions de calcul scientifique, bio-informatique et stockage
-Appétence et expérience du travail en équipe
-Capacité d'adaptation face aux évolutions du domaine de la bio-informatique et des besoins des utilisateurs dans les sciences de l'évolution et de l'écologie

 

Contexte :  
L'Institut des Sciences de l'Évolution de Montpellier (l'ISEM, 250 membres permanents et non-permanents, basé sur le campus Triolet de l'Université de Montpellier) développe depuis plus de 40 ans des recherches sur l'origine et la dynamique de la biodiversité et sur les modalités et les mécanismes de son évolution.
Ses recherches sur les questions fondamentales de la biologie évolutive concernent tout autant la biodiversité actuelle que passée, portent sur un large éventail d'organismes et de milieux et allient approches de terrain, expérimentales et théoriques.
La modélisation, la bio-informatique et le calcul intensif sont des activités fortement développées à l'ISEM.
Historiquement majeur en génomique, ces besoins continuent de croître avec l'augmentation des données massives dans tous les domaines de la biologie et de l'écologie.
L'ISEM souhaite maintenir et renforcer son potentiel de développement, de mise en œuvre et d'adaptation des méthodes d'analyse de données biologiques et écologiques, soutenir et former ses agents en ce sens, et se projeter vers les concepts et technologies à venir.

La personne recrutée sera affiliée à deux plateaux techniques mutualisés de l'Institut (50% chacun) : Infrastructure des Systèmes d'Information (ISI, actuellement 2 agents) et Montpellier Bioinformatique Biodiversité (MBB, actuellement 3 agents). Vu ce positionnement transverse, le N+1 de l'agent sera un membre de la direction d'unité.
Ce positionnement impliquera un rôle majeur dans les liens techniques, opérationnels et stratégiques entre ces deux plateaux, et la nécessité d'un travail en équipe avec l'ensemble de leurs membres.
Les activités de conseil, accompagnement et formation mèneront également à des interactions soutenues avec l'ensemble des membres de l'unité (stagiaires, doctorants, chercheurs, ingénieurs et techniciens) développant des projets nécessitant du calcul scientifique intensif, de la bio-informatique ou du stockage massif de données.