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E : Informatique, statistiques et calcul scientifique

Ingénieur d'études

Concours N° 138

 

Nbre de postes : 1
Emploi-type : Ingenieure ou ingenieur en calcul scientifique


Affectation : Génomique Métabolique, EVRY COURCOURONNES
Groupe de fonction : Groupe 3

 

Mission :  
Contribuer au traitement et à l'analyse à grande échelle des données génomiques produites dans le cadre de projets d'envergure, comme le programme ATLASea. Concrètement cette mission consistera à développer, optimiser et automatiser des pipelines de calcul dédiés à l'assemblage et à l'analyse de génomes issus de la biodiversité marine, en s'appuyant sur des infrastructures de calcul intensif et des technologies de pointe en bioinformatique.

 

Activités :  
- Développer, optimiser et maintenir des pipelines bioinformatiques pour l'analyse de génomes eucaryotes
- Automatiser les traitements de données génomiques dans des environnements de calcul haute performance
- Assurer la gestion, la traçabilité et la reproductibilité des analyses selon les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)

- Implémenter et intégrer des outils de bioinformatique dans des workflows robustes et évalués à l'aide de tests de scalabilité
- Collaborer étroitement avec les chercheurs, bioinformaticiens et partenaires nationaux du projet ATLASea
- Assurer la documentation, la diffusion et le support technique des outils développés
- Contribuer à la valorisation scientifique des travaux (rapports, publications, présentations).

 

Compétences :  
Connaissances scientifiques et techniques
- Bioinformatique et génomique, idéalement appliquées aux génomes eucaryotes
- Assemblage et évaluation de génomes à partir de données de séquençage haut débit, notamment de longues lectures et données Hi-C
- Programmation et développement logiciel (Python, R, Perl, Rust), suivi du code (github, gitlab)
- Développement de pipelines reproductibles (Snakemake ou équivalents)

- Utilisation et déploiement d'outils de conteneurisation (Docker,
- Singularity/Apptainer)
- Gestion et analyse de grands volumes de données
- Optimisation et parallélisation par les données de calculs
- Connaissance du système d'exploitation Linux
- Anglais technique oral et écrit, B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Compétences organisationnelles et relationnelles
- Capacité à travailler en équipe dans un environnement interdisciplinaire
- Rigueur, autonomie et sens de l'organisation
- Esprit d'initiative et d'innovation
- Aptitude à documenter et à transmettre les connaissances
- Sens du service et écoute des besoins des utilisateurs
- Bonne capacité de communication orale et écrite (anglais et français)

 

Contexte :  
L'Unité Mixte de Recherche "Génomique Métabolique" à Évry constitue l'unité de recherche fondamentale du Genoscope. Elle explore la biodiversité à travers l'étude des génomes et du métabolisme. Dans ce cadre, le Laboratoire de Bioinformatique et de Génomique pour la Biodiversité (LBGB) développe des méthodes et des infrastructures pour l'analyse à grande échelle des génomes. Il contribue activement au programme ATLASea (www.atlasea.fr), une initiative majeure visant à séquencer et caractériser la biodiversité marine. L'ingénieur(e) participera à l'assemblage et à l'analyse de milliers de génomes, en développant des solutions automatisées et performantes adaptées aux défis du calcul scientifique et du traitement de données massives. Elle ou il travaillera dans un environnement scientifique de premier plan sous la responsabilité du chef de laboratoire et en interaction étroite avec les membres du LBGB (actuellement 15 ingénieurs et 4 chercheurs), les autres laboratoires du Genoscope et des équipes de recherche nationales et internationales. Le poste est basé au Genoscope à Évry. Une partie des activités pourra être réalisée en télétravail, en accord avec le chef de laboratoire et dans le respect de la réglementation en vigueur au CNRS.