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A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Ingénieur d'études

Concours N° 71

 

Nbre de postes : 1
Emploi-type : Ingenieure ou ingenieur en expérimentation et instrumentation biologiques


Affectation : Tefor Paris-Saclay, GIF SUR YVETTE
Groupe de fonction : Groupe 1

 

Mission :  
L'Ingénieur-e d'études, responsable de l'équipe édition du génome TPS-EDIT (https://tefor.net/tefor-paris-saclay-nos-equipes/tps-edit/), aura pour mission de concevoir, coordonner et réaliser les prestations d'édition du génome par CRISPR-Cas9 chez le poisson-zèbre, ainsi que de développer et d'implémenter de nouvelles approches méthodologiques à des fins de recherche et d'enrichissement de l'offre de services.

 

Activités :  
Activités principales
- Organiser le service d'édition du génome et encadrer les agents et étudiants travaillant dans le service (avec conduite d'entretien annuel, le cas échéant),
- Concevoir, réaliser et adapter les protocoles d'édition de génome standardisés et innovants pour la création d'animaux modèles aquatiques génétiquement modifiés,
- Analyser les données et mettre en forme les résultats avant le rendu aux utilisateurs, rédiger les rapports d'expérience ou d'étude, des notes techniques à destination des utilisateurs de la plateforme,
- Assurer la gestion et le bon développement des lignées génétiquement modifiées en coordination avec le service d'élevage aquatique.

Activités secondaires
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles, sur l'interprétation des données,
- Assurer la traçabilité des expériences et des prestations de recherche de la plateforme aussi bien pour les utilisateurs de l'unité que pour les besoins liés aux recherches propres de l'unité,
- Établir les devis pour les utilisateurs et actualiser les tarifs,
- Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de l'édition de génome et les techniques de génotypage.
- Appliquer et faire appliquer en situation de travail les réglementations liées à l'édition du génome chez les poissons et xénopes, en matière d'éthique, d'hygiène et de sécurité et de bonnes pratiques,
- Participer à la rédaction d'articles scientifiques et présenter les résultats pour disséminer les nouvelles techniques développées,
- Transmettre ses connaissances et savoir-faire aux agents et étudiants de l'unité ainsi qu'aux utilisateurs de la plateforme,
- Participer à l'organisation et animation des actions de formation aux techniques d'édition de génome chez les modèles vertébrés aquatiques.

 

Compétences :  
Savoirs / Savoir-faire
- Connaissance générale en biologie de préférence dans un des domaines suivants : génétique, physiologie, bio ingénierie et biologie du développement,
- Connaissance théorique et pratique des techniques d'édition de génome par CRISPR-Cas9 et ses dérivés en particulier chez les vertébrés aquatiques,
- Connaissance théorique et maîtrise pratique des protocoles de biologie moléculaire (techniques de génotypage, construction de transgènes),
- Connaissance approfondie des outils bio-informatiques du domaine (Conception et sélection des ARN guides (gRNA), outil d'analyse des séquences d'ADN, outils d'édition et d'annotations de séquences, navigateur de génomes (genome browser), outil de visualisation et prédiction protéique (ChimeraX, AlphaFold).
- Connaissance des principes éthiques et des réglementations afférentes à la production et l'utilisation d'animaux et d'Organismes Génétiquement Modifiés, notamment vertébrés aquatiques (formation réglementaire à l'expérimentation animale niveau concepteur, espèces aquatiques de préférence).
- Maîtrise des règles de communication écrite et orale; rédaction scientifique.
- Anglais, B2 ou plus (cadre européen commun de référence pour les langues).

Compétences comportementales
- Communiquer au sein des équipes de l'unité et avec ses interlocuteurs externes (chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants et post-doctorants des équipes de recherche),
- Faire preuve de qualités pédagogiques et humaines,
- Sens de l'organisation,
- Travail en équipe,
- Autonomie, créativité et force de proposition.

Compétences managériales :
Disposer de qualités managériales avérées : capacités de dialogue, d'écoute et de pédagogie,capacité à animer le collectif de travail.

 

Contexte :  
La production de modèles animaux est nécessaire à l'étude de fonctions biologiques ou de maladies. Le poisson-zèbre est un modèle animal majeur, 80% des gènes impliqués dans des maladies humaines y ont un équivalent. La révolution des techniques d'édition du génome par les technologies CRISPR/Cas9 permet des modifications précises du génome (délétion, substitution, insertion). TEFOR Paris-Saclay (https://tefor.net/), créée en 2019, est une Unité d'Appui et de Recherche dédiée aux modèles aquatiques, faisant partie de l'infrastructure de recherche CELPHEDIA (https://celphedia.eu/en/). Composée d'une douzaine d'agents, elle est ouverte à toute la communauté scientifique, labellisée GIS-IBiSA et référencée comme la plateforme partenaire Fondation Maladies Rares pour la création de modèles expérimentaux aquatiques. Au sein de TEFOR, l'une des 4 équipes, TPS-EDIT (https://tefor.net/tefor-paris-saclay-nos-equipes/tps-edit/), dédiée à l'édition du génome chez le poisson-zèbre (Danio rerio) est composée à ce jour de deux agents et d'un stagiaire. Ses locaux sont situés au sein du bâtiment de l'Institut des Neurosciences Paris-Saclay. Ce service conçoit et réalise des prestations de création de modèles poissons par édition du génome à la demande d'équipes de recherche académiques ou privées. Le développement de ces méthodes, leur standardisation, l'évaluation des différentes stratégies sont menés en coordination avec les autres partenaires Celphedia. L'équipe participe à différents groupes de travail et projets technologiques avec d'autres plateformes ou équipes partenaires de Celphedia. Le/la responsable de TPS-Edit recruté.e travaillera sous la responsabilité directe du Directeur Adjoint en charge de la plate-forme technologique de l'Unité.